Damit er seiner Aufgabe als unabhängige Kontrollbehörde nachkommen kann, ist er in seinem Amt unabhängig und weisungsfrei. Ähnlich wie die Mitglieder des EuGH genießt er Immunität.

Eine seiner wichtigsten Aufgaben ist die Beaufsichtigung der Organe und Einrichtungen der Europäischen Gemeinschaft bei der Verarbeitung personenbezogener Daten, um die Grundrechte und die Privatsphäre der Bürger zu schützen und zu bewahren. Außerdem hat er ein Eingriffs- und Anordnungsrecht gegenüber den Gemeinschaftsorganen: Er kann unzulässige Datenverarbeitungen verbieten, rechtswidrig gespeicherte Daten löschen lassen und die Verantwortlichen verwarnen oder ermahnen. Der EDPS prüft Beschwerden, Anfragen, führt Kontrollen durch und veröffentlicht Mitteilungen und Informationsmaterial hinsichtlich verschiedener Aspekte des Datenschutzes.

Wenn Sie Grund zur Annahme haben, dass Ihr Recht auf Datenschutz durch den Missbrauch Ihrer personenbezogenen Daten durch ein Organ oder eine Einrichtung der Gemeinschaft verletzt wurde, können Sie beim Europäischen Datenschutzbeauftragten Beschwerde einlegen.

Seit dem 17. Januar 2004 ist der Niederländer Peter Hustinx der Datenschutzbeauftragte der EU, sein Stellvertreter ist der Italiener Giovanni Buttarelli. Ihre Amtszeit beträgt fünf Jahre.